В элитном Отряде 99 служат пять клонов, ставших в результате генетической ошибки обладателями уникальных свойств, выделяющих их среди обычных солдат. Однако мирная жизнь отряда резко меняется, когда генерал Таркин объявляет о преобразовании Республики в Империю. Изменения в структуре власти страны немедленно сказываются на судьбах персонажей...